BM121 - Biologisk Sekvensanalyse

Uge 45:

• Introduktion til kurset og projekt-muligheder.
• Kort introduktion til biologien bag de algoritmer, vi skal se på i kurset. Det er en god ide at bladre kapitel 1 i lærebogen igennem inden timen.
• Læs kapitel 6 til og med afsnit 6.4, så vi kan snakke om det.

Uge 46:

• Lærebogen: Afsnit 6.5-6.7
  Overvej, hvordan man kan udvide dynamisk-programmerings-algoritmen, så den håndterer gap open og gap extension penalties, dvs. bruger Ligning (6.23) i stedet for (6.22).
• Kopier om Markov-modeller: Kapitel 3 til og med afsnit 3.2.

Uge 47:

• Kopier om Markov-modeller: Afsnit 3.3-3.4 og 3.6.
• Kopier om suffix-træer: Kapitel 5 og kapitel 6 til og med afsnit 6.1.2

Uge 48:

• Kopier om suffix-træer: Resten af afsnit 6.1

Uge 49:

• Lærebogen: kapitel 7

Uge 50:

• Lærebogen: kapitel 12